W ostatnich latach opublikowano szereg badań mikrobioty jelitowej rozmaitych populacji z wielu części świata. Zaobserwowano znaczące różnice międzyosobnicze w składzie taksonomicznym, poziomie różnorodności, liczebności oraz aktywności metabolicznej. Rozbieżności te przypisuje się czynnikom wewnętrznym, takim jak: enterotyp jelitowy czy wskaźnik BMI pacjenta oraz czynnikom zewnętrznym, takim jak: styl życia, poziom aktywności fizycznej, przynależność etniczna, zwyczaje dietetyczne oraz kulturowe. Złożoność stosowania probiotyków w sytuacjach klinicznych komplikuje fakt istnienia wewnątrzosobniczych oraz międzyosobniczych różnic taksonomicznych i funkcjonalnych w obszarze mikrobioty jelitowej. Labilność na poziomie produktu oraz biocenozy układu pokarmowego pacjenta stanowi przesłankę do wykorzystania personalizacji w procesie doboru probiotyków do zastosowań medycznych oraz okołomedycznych. W niniejszym opracowaniu omówione zostaną istotne, z punktu widzenia praktyki lekarskiej, właściwości mikrobioty jelitowej człowieka oraz probiotyków, które są wykorzystywane do jej kształtowania.

Koncepcja enterotypu jelitowego zakłada, iż bakterie jelitowe formują klastry, które stanowią wyspecjalizowane metabolicznie skupiska bakterii. Najczęściej wyróżnia się trzy enterotypy, charakteryzujące się dominującym rodzajem bakterii: enterotyp I (Bacteroides), enterotyp II (Prevotella), enterotyp III (Ruminococcus). Granice pomiędzy poszczególnymi enterotypami nie są ostro zarysowane i zależą w dużej mierze od diety. Klastry bakterii należące do enterotypu I korzystają z węglowodanów jako podstawowego źródła energii, wykorzystując glikolizę i szlak pentozofosforanowy. Natomiast bakterie należące do enterotypów II i III potrafią rozkładać glikoproteiny zawarte w mucynie. Istnieje również pogląd, że wraz z postępującą westernizacją życia na świecie dominującym enterotypem stanie się enterotyp I – co stanowić będzie kolejny etap ewolucji układu pokarmowego człowieka.