Układ odpornościowy jest odpowiedzialny za zwalczanie chorobotwórczych bakterii i wirusów, a także za niszczenie komórek nowotworowych. Współczesne badania nad lekami pochodzenia naturalnego wykazały, że wiele ziół ma złożone działanie na funkcje odpornościowe i może działać jako silne stymulatory odporności. Rośliny te są bogate we flawonoidy, witaminę C lub karotenoidy, dzięki czemu mogą wzmacniać funkcje układu odpornościowego (stymulują aktywność limfocytów, zwiększają fagocytozę i indukują produkcję interferonu). Zioła bogate we flawonoidy mogą również wykazywać łagodne działanie przeciwzapalne.

W celach leczniczych wykorzystuje się całe rośliny lub różne ich części: liście, kwiaty, owoce, kłącza, korzenie, pąki, a w przypadku drzew również korę. W aptekach dostępne są odpowiednio skomponowane syropy, tabletki, nalewki czy mieszanki ziołowe o działaniu kompleksowym, tak dobrane, aby działanie poszczególnych składników wzajemnie się uzupełniało.

Do ziół o właściwościach wzmacniających należą: dziurawiec, tymianek, pokrzywa, bratek polny, świetlik. Ich mechanizm działania polega na poprawie odporności, przy braku obciążania układu trawiennego. Ponadto wspomagają działanie układu odpornościowego oraz chronią przed drobnoustrojami chorobotwórczymi.

Zioła można również stosować w trakcie przeziębienia, ponieważ mogą one skracać czas infekcji. Korzeń lukrecji, tymianek, bratek polny, kwiat kasztanowca czy koper włoski działają wykrztuśnie lub przeciwkaszlowo. Z kolei kwiat bzu czarnego, suszone owoce maliny czy liście brzozy działają przeciwgorączkowo.