W ostatnich latach pojawia się coraz więcej publikacji na temat wpływu mikrobiomu na stan zdrowia człowieka. Obecnie stosowane metody diagnostyczne nie pozwalają na tanie i małoinwazyjne, kompleksowe badanie mikrobiomu jelita cienkiego. Jednym z jego zaburzeń jest zespół rozrostu bakteryjnego jelita cienkiego (SIBO), który polega na zwiększeniu ilości bakterii w treści jelita cienkiego powyżej 105 CFU/ml. W diagnostyce SIBO najczęściej wykorzystuje się Wodorowy Test Oddechowy (WTO) z zastosowaniem laktulozy lub glukozy. Leczenie z wyboru stanowi antybiotykoterapia z wykorzystaniem ryfaksyminy lub metronidazolu. W pracy opisano także potencjalny związek SIBO z różnymi chorobami, jak np. otyłość, cukrzyca typu 1 czy zakrzepica żył głębokich.

Od początku lat 80. XX w. przygotowywane i realizowane są duże projekty naukowe, mające na celu możliwie wnikliwe i kompletne opisanie funkcjonowania ludzkiego organizmu. Jednym z pierwszym tego typu wyzwań był Projekt poznania ludzkiego genomu (ang. Human Genome Project), który trwał w latach 1990-2003 i przyczynił się do opisania ok. 20 tys. genów człowieka. W ślad za tym projektem naukowcy z wielu ośrodków naukowych podjęli wspólną decyzję o projekcie poznania i opisania wszystkich białek ludzkiego organizmu (ang. Human Proteome Project), w którym dotychczas opisano kilkanaście tysięcy białek.

Badania nad mikroorganizmami zasiedlającymi ludzki organizm trwały od końca XIX w., natomiast dopiero w 2001 r. zdobywca Nagrody Nobla w dziedzinie fizjologii i medycyny Joshua Lederberg spopularyzował samo pojęcie „mikrobiom” w odniesieniu do organizmu człowieka. Przyczyniło się to do popularyzacji badań mikrobiomu, zaczęto także coraz intensywniej badać jego wpływ na zdrowie człowieka.